罪行二：因研究禁术干了太多不人道的事，事情败露逃离木叶，十二年后大蛇丸重返木叶，但他不是来玩的，大蛇丸跟木叶的原盟友第四代风影罗砂结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃计划” 。后来，他暗杀四代风影，并伪装成四代风影，让自己完全控制砂忍的行动 。他成功挑动起砂忍和木叶忍者之间的战斗，又秽土转生初代火影千手柱间和二代火影千手扉间（三代火影的老师）让其与三代火影交手，最后间接杀死了三代火影 。
可谓罪大恶极 。罪行三：留下了很多不安定的实验体，比如宇智波信，在番外短篇《火影忍者外传：七代目火影与绯色的花月》中，该角色企图复活晓，还试图抓走宇智波佐良娜干掉佐助，打算消灭所有沉浸在和平时期的人以及妨碍他的人，如果放任他不管必会危害忍界 。最后，我来分析下大蛇丸说二代火影是忍界的罪人的原因第一、二代火影千手扉间在战国时期用飞雷神突袭宇智波斑的弟弟宇智波泉奈将其打成重伤，最终泉奈不治身亡，泉奈死前让斑移植自己的万花筒写轮眼，让斑守护宇智波，斑悲伤欲绝，移植后获得了永恒万花筒写轮眼，这也导致了后面斑的黑化，斑最看重的就是自己的弟弟，曾经他说过绝对不会让任何人伤害自己的弟弟，对连年的战乱他也不认同只是被卷入这战争的漩涡中不得不战，因此我认为这是直接导致后来两大家族产生心理隔阂的原因，也是斑多年后离开木叶后控制九尾复仇的导火索 。
当然有些人认为是斑得到万花筒写轮眼后看到宇智波族内石碑的秘密后才爆发的，但我觉得这不切实际，虽然黑绝篡改了石碑影响了斑的心境，但首先，黑绝没有说谎，的确按照黑绝的方法可以获得力量，石碑的秘密也是根据瞳力的强弱逐步推进的，斑是在拥有万花筒写轮眼后才知道永恒万花筒写轮眼开启的方法——通过移植至亲血肉的万花筒写轮眼开启，但当时斑只有一个亲人就是弟弟，除非弟弟把自己的眼睛挖出来给他否则斑就开不了，因此斑没可能会再渴望瞳术的再进化，因此黑绝篡不篡改都不重要，斑在之前一直都没有灭了所有敌人的想法，之后的爆发与二代火影杀泉奈有很大关系 。
第二、二代火影对待宇智波一族一直心存疑虑，本来宇智波一族还能在村中心居住，但斑控制九尾入侵木叶，宇智波一族遭到村里人的敌视与排挤，这也符合扉间的想法，因此宇智波一族搬离到村郊，并且扉间让宇智波一族成为警卫队，这明面上看让宇智波一族，但实际上方便监管，扉间成立了暗部经常派人在宇智波一族监视 。这其实暗中滋生了宇智波一族的反对势力，但其实宇智波一族当时并没有什么用，斑出走，泉奈死后，宇智波一族已经没有扉间的对手了，不开玩笑的说一句扉间一人在夜晚可以比鼬更快地灭掉所有宇智波一族不需要任何帮手，但他没这么做 。
【火影忍者怎么分享一次,「火影忍者手游Ⅱ」1月7日】宇智波一族知道扉间在排挤他们，一些人滋生反动，扉间把这一思想“灌输”给了自己的弟子，果然在后来带土通灵九尾事件后，宇智波一族被扉间弟子团藏等木叶高层安排到村子的边境彻底孤立，这最终引发了反动派的愤怒决定谋反，但还没实施就被灭族，属实悲剧，这与扉间脱不了干系 。第三、自然是扉间的禁术卷轴，虽然扉间将禁术卷轴全都存在木叶禁术室，但我很好奇连鸣人都能偷多重影分身之术的卷轴出来，更何况是大蛇丸呢？这也让大蛇丸学会了八岐大蛇、秽土转生、尸鬼封尽等术，大蛇丸犯下的罪也的确与扉间有关，不过就算大蛇丸学会了也只是对木叶危害大些，但真正的危害是大蛇丸将秽土转生留给了药师兜，兜将这术用在了忍界大战上造成了大量伤亡，这种情况扉间的责任小了些，不过大蛇丸可没资格因为这个说扉间是罪人 。
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