当然，受时代的局限，杰斐逊的思想也并非完美无缺，他虽然倡导平等原则，主张废除奴隶制，但却认为解放后的奴隶应移往国外，以免他们玷污了主人的血液 。在行政事务方面，他认为并不是所有人都能胜任政府的管理工作，只有那些“优秀人才”（即“绅士”、“贵族”）才能替人民行使他们的权利 。而且他所谓的人民也并非全体国民，至少妇女和黑人不在其列 。
尽管如此，杰斐逊民主思想的伟大贡献却是不容否定的，他的民主主义纲领促进了美国政治和社会经济的民主化，为美国的民主传统奠定了基础，也一直是美国人民争取政治民主和社会进步的思想动力 。正如方纳教授所指出的：“在开国元勋当中，就奠定国家的民主方针来说，没有人比杰斐逊所起的作用更大 。”
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