朝廷欲在江南诸郡行铁钱 ， 万里以为不便民 ， 拒不奉诏 ， 忤宰相意 ， 改知赣州 。
万里见自己的抱负无法施展 ， 遂不赴任 ， 乞祠官（无实际官职 ， 只领祠禄 ， 等于退休）而归 ， 从此不再出仕 ， 朝廷几次召他赴京 ， 均辞而不往 。
开僖二年（1206） ， 因痛恨韩侂胄弄权误国 ， 忧愤而死 ， 官终宝谟阁文士 ， 谥“文节” 。
杨万里一生力主抗战 ， 反对屈膝投降 ， 他在给皇帝的许多“书”、“策”、“札子”中都一再痛陈国家利病 ， 力诋投降之误 ， 爱国之情 ， 溢于言表 。
他为官清正廉洁 ， 尽力不扰百姓 ， 当时的诗人徐玑称赞他“清得门如水 ， 贫惟带有金”（《投杨诚斋》） 。
江东转运副使任满之后 ， 应有余钱万缗 ， 但他均弃于官库 ， 一钱不取而归 。他立朝刚正 ， 遇事敢言 ， 指摘时弊 ， 无所顾忌 ， 因此始终不得大用 。
实际上他为官也不斤斤营求升迁 ， 在作京官时就随时准备丢官罢职 ， 因此预先准备好了由杭州回家的路费 ， 锁置箱中 ， 藏于卧室 ， 又戒家人不许买一物 ， 怕去职回乡时行李累赘 。
后来赋闲家居的十五年中 ， 还是韩侂胄柄政之时 ， 韩新建南园 ， 请他作一篇“记” ， 许以高官相酬 ， 万里坚辞不作 ， 表示“官可弃 ， ‘记’不可作 。”以止数事 ， 可以想见其为人 。诗人葛天民夸他“脊梁如铁心如石”（见《南宋群贤小集．葛无怀小集》） ， 并非谥美之辞 。
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