一、知识产权的民事司法保护
对知识产权的民事司法保护是通过产权人或争议人向人民法院提出确认或保护知识产权的诉讼请求，由人民法院对涉及知识产权争议的案件进行审理并作出裁判，从而实现对知识产权的民事司法保护 。通过知识产权的民事司法程序所审理的案件主要为:关于知识产权的权利归属纠纷案件;关于侵犯专利权、商标权、著作权和邻接权、科技成果权等纠纷案件;不正当竞争纠纷案件，指依照《反不正当竞争法》第5条、9条、10条和14条的规定受理的案件;知识产权合同纠纷案件;以及其他知识产权纠纷案件 。目前民事司法程序将TRIPS协议规定的所有领域的知识产权，包括专利(发明、实用新型、外观设计)和植物新品种、商标、著作权和邻接权，以及计算机软件、集成电路布图设计、商业秘密、地理标识权利等，还有与知识产权相关领域的许多新类型权利，如计算机网格著作权、网络域名、数据库、民间艺术作品、实用艺术作品、原产地名称等方面权利纳入知识产权司法保障的范围 。
由于知识产权方面的案件专业性、技术性较强，证据的收集与认定的难度较大，法律关系多有交叉，而且通常是关于知识产权的确认、授权、维权与知识产权的侵权诉讼程序结合在一起，因此，在知识产权案件的司法管辖上，将专利权纠纷案件由中级人民法院作为一审法院，而对于其他知识产权的案件，有条件的法院设立知识产权审判庭，统一审理知识产权民事纠纷案件，或将各类知识产权民事纠纷案件集中于一个庭进行审理 。甚至有人建议除少数已经成立知识产权审判庭的基层法院外，各高级人民法院可以根据案件的具体情况，决定由中级人民法院作为知识产权民事纠纷案件的一审法院 。
知识产权民事纠纷案件与其他民事纠纷案件一样，应当适用“谁主张，谁举证”的举证责任原则 。在侵权案件中，原告应当证明自己享有的知识产权等民事权利及被告对其实施了法律所禁止的行为 。而被告提出的抗辩主张，对原告所举事实与证据的否定或其自已的主张，就应当为此提供必要的证据 。对于已查明被告构成侵权并造成原告损害的情况下，但原告损失额与被告获利额等均不能确认的案件，采用定额赔偿的办法来确定损害赔偿额 。定额赔偿的幅度、具体数额，由人民法院根据被侵害的知识产权的类型、评估价值、侵权持续的时间、权利人因侵权所受到的商誉损害等因素在定额赔偿幅度内确定 。
为加强知识产权的司法保护，在程序上，知识产权人或利害关系人在必要情况下可以依法向法院申请采取诉前临时措施和诉中财产保全、先予执行等诉讼措施，及时制止侵权行为，有效防止损失进一步扩大，从而利用司法手段维护权益 。
二、知识产权的行政司法保护
对知识产权的行政司法保护是通过司法对行政机关所实施的，确认、管理知识产权等执法行为的合法性、合理性实行司法审查来实现 。我国目前主要是以行政诉讼的方式实现对知识产权人的合法权利的行政司法保护，当产权人不服行政机关所作出的涉及知识产权的具体行政执法行为不服时，可提起行政诉讼，由人民法院对其行为的合法性予以审查，纠正违法行政行为，从而达到对知识产权的行政司法保护目的 。
我国已在过去两三年内修改了《专利法》和《商标法》，将所有专利和商标的授权和维持程序改为司法终局裁决，对于专利复审委员会和商标评审委员会的违法行为可以提出起诉，而且近几年将专利复审委员会和商标评审委员会作为被告的诉讼案件迅速增长，成为当事人维护其知识产权的一条重要司法途径 。但我国目前对行政行为的司法审查范围还是有限的，从而导致以行政司法审查方式来保障知识产权也有限，其有限性体现在三个方面 。
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