其他的高达驾驶员已经回到宇宙并与OZ战斗着，有些人被抓住有些人的高达也已经遭到破坏，在于OZ持续战斗的高达逐渐被当成反抗者的象征被孤立 。
OZ高层逐渐开始采用无驾驶员的MD机体代替MS，特列斯非常反对这样的做法并亲自驾驶MS挑战MD 。
而得知了OZ这一做法的博士们也非常反对使用这样的无人驾驶机体 。但是最终他们决定造出两台极具攻防的高达对抗OZ 。
为了测试性能新机体被派遣作战，而驾驶员就是混入敌营的特罗瓦 。在面对脱下面具的米力亚尔时需要在战斗中消灭所有MD，挑战条件是米利亚尔毫发无伤 。
战斗结束米利亚尔以国家代表的身份前来会谈 。
而蕾蒂方面得知资源卫星在运送途中被消灭 。
在希罗和特罗瓦出战后发现敌人正是卡特尔，因为极度的愤怒与失望他开始想要毁掉殖民地 。
而基地中兹巴洛夫切断了博士和张五飞等人的氧气供给打算贯彻使用MD的方针，赶来的蕾蒂与其发生正面对抗 。
接下来的战斗分为两个战场，事件条件是击败卡特尔，隐藏条件是在此是前先击败十架以上的MD 。
战斗结束特罗瓦打算牺牲自己来让卡特尔清醒回去 。
面对新型MD的蕾蒂也陷入苦战，就在此时驾驶新型高达的迪奥和张五飞赶到 。
接下来需要消灭所有敌人 。
但是最终OZ高层仍然决定施行MD的量产，特列斯反对无果后放弃了职位被软禁 。
第六章山克王国瓦解
联合崩毁后莉莉娜以匹斯克拉弗特的正统继承人身份努力复兴山克王国，重建的同时也倡导完全的和平主义并向各国提倡 。但是掌管OZ的罗姆费勒财团开始用MD向地球上的反抗地区进行攻击，面对不死士兵特列斯派的奋斗渐渐失去了势头 。
对于高达关联者们来说被孤立的情况只会越来越严重 。
重新冷静下来的卡特尔还没有放弃寻找特罗瓦，最终商量后决定和希罗一同回到山克王国 。
莉莉娜也重新得知了希罗的位置，而另一边得知部队遭到杰克斯袭击的兹巴洛夫也决定采取措施 。
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