客舱内的空姐此时通过扩音器，向惊慌失措的旅客们平静地说道：“请大家不要紧张，带好自己的氧气面罩” 。
机长高滨雅己立刻解除了自动驾驶，由于仪表没有显示故障的原因，他们只能逐个对起落架、发动机等所有系统进行了检查，只发现了液压系统的压力开始下降，而引擎和电力系统则显示正常 。
期间空管人员曾向机长建议向名古屋机场降落 ， 但由于波音747SR体型巨大 ， 无法安全地在名古屋进行迫降 。而羽田机场的跑道更长，安全设施更加完备，因此也更加适合波音 747 这种巨型客机的迫降 。
于是机长立刻联系地面：“这里是日航JAL123号航班，请求……马上……，我们遇到麻烦了，请求返回羽田机场 。”
地面马上给出了回应：“收到，请求照准 。”
然而液压系统失灵后 ， 飞机无法正常操作 ， 开始失速 ， 这意味着机翼上产生的升力骤减 ， 于是 ， 机组人员尝试通过增减油门来实现飞机的基本控制 。
当飞机俯冲时将油门前推 ， 这是加速 ， 就能扬起机鼻；当飞机爬升时回拉油门 ， 这是减速 ， 机鼻就会向下 。这是好迹象，飞机至少能飞行得平稳一些 。
但是此时的飞机在高空中陡升、下降1200米、拉平、抬升，循环往复，飞行路线也开始变得飘忽不定，离羽田机场也越来越远 。
这时距离发生故障已经过去 5 分钟，机舱内的氧气越来越稀薄 ， 乘客开始呼吸困难 ， 包括驾驶舱内 。飞航工程师建议机组人员全都戴上氧气面罩，但他们并没有这样做 。
其实想想也是有道理的 。
因为当时飞机处在失压和空气稀薄的情况下，人体缺氧反应就会变慢，并且自己是意识不到的 。
同时驾驶舱内飞机的状况变得不可控，机组人员仅有的注意力全部用来控制飞机，即使有人提出带氧气面罩，机长虽然答应了，但是没有时间也没有精力来带上 。
由于飞机的起伏幅度太大，机组人员商量决定，放下飞机的起落架迫切需要下降 。
之所以这么做，是因为起落架的风阻可以减缓俯仰的幅度，虽然会降低飞机速度，但也会起到提升稳定性的效果 。
但问题是 ， 液压系统已经失灵，起落架无法正常放下，于是只能通过重力抛甩的方式将起落架放下，幸运的是成功了，机组人员松了一口气 。
可他们还没来得及回过神，新的情况又骤然而至 。
起落架在发挥作用的同时，破坏了左侧引擎加速提供的方向控制，同时受到上空的风势影响，飞机再度失控，被迫左回旋，朝着群马县的山区方向摇晃过去 。
途中机长也在不断的努力挽救飞机，但是坚持了30多分钟后 ， 随着飞机的高度越来越低 ， 最终在接近富士山时彻底失去了控制，骤然右转并以每分钟900米的速度俯冲，几分钟后便坠毁在群马县御巢鹰山区附近的高天原山上，雷达信号也彻底在消失在机场的雷达屏幕上 。
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